L'engagement dans le dispositif Apprentis Chercheurs consiste à encadrer un binôme d'Apprentis Chercheurs durant une année scolaire, à raison de 8 à 10 mercredi après-midi dans l'année, jusqu'aux congrès des Apprentis Chercheurs qui ont lieu en mai-juin.
Cette action de médiation scientifique portée par l'association l'Arbre des Connaissances est relayée dans une cinquantaine de centres de recherche par des scientifiques professionnels : les coordinateurs de centres. Il est envisageable de monter l'action dans de nouveaux centres de recherche en contactant préalablement l'association.
L'Arbre des Connaissances propose aux encadrant.e.s d'Apprentis Chercheurs, et en priorité aux doctorant.e.s, de participer à une journée de formation complémentaire organisée avec le concours du CFDip de l'Université Sorbonne Paris Cité et de valider ainsi un parcours de formation en médiation scientifique auprès de nombreuses écoles doctorales.
Les étudiants rattachés au CFDip sont prioritaires mais les places restantes (total de 30 places par session) sont ouvertes à d'autres doctorant.e.s et aux encadrant.e.s d'Apprentis Chercheurs hors doctorant.e.s.